При выписке дополнительного СФ необходимо учитывать то, что даже если в возврате участвуют не все позиции, в самой счет-фактуре данные позиции должны оставаться. То есть количество позиций в основной и дополнительной счет-фактурах должно совпадать.

Просим обратить внимание на те позиции товара, которые не возвращаются. В графе Количество Вы указываете 0 если изменений по товару нет, и отрицательное число, в товаре с изменениями. В графе Цена за ед.товара проставляете цены, как в Основном СФ.