Вопрос: 
<p>При выписке дополнительного выходит ошибка "Стоимость товаров, работ, услуг с учетом косвенных налогов' не может быть отрицательным"</p>
Ответ: 

Данная ошибка возникает по причине того, что суммарные значения основной и дополнительной счет-фактур не сходятся и в итоге у Вас получаются отрицательные значения.

К примеру, Вы выписали основной счет-фактуру на итоговую сумму 100 000 тенге по 5 позициям товара. Затем выписываете дополнительный счет-фактуру по полному возврату товара, но указываете в доп. Счет-фактуре сумму большую чем в основной счет-фактуре (например: -110 000 тг), соответственно суммируя основной и дополнительный счет-фактуры – итоговая сумма выходит отрицательной. Просим просмотреть итоговые значения сумм основного счет-фактуры и затем просмотреть суммарные значения дополнительного. Ошибка при выписке доп счет-фактуры кроется именно в этом.

Вам необходимо проверить если у этой основной СФ другие дополнительные СФ (возможно были отправлены ранее). Если есть другие доп.СФ, то возможно первоначальная ошибка заключается в том, что при складывании суммы в основной и всех дополнительных СФ общая сумма получается отрицательной